La co-circulation de plusieurs variants du SARS-CoV-2, et notamment de Delta et d’Omicron, pourrait favoriser les co-infections et ainsi l’émergence de nouvelles versions du virus. C’est ce que suggère Santé publique France dans sa dernière analyse de risque sur les variants émergents du SARS-CoV-2, qui fait le point sur cette recombinaison entre mutants du coronavirus.
Un mécanisme de divergence génétique pas si rare ?
« Dans une cellule infectée par deux souches virales, des échanges de matériel génétique entre les virus peuvent se produire ; le recombinant issu de cet évènement possède donc un génome « mosaïque », une partie de son génome correspondant au génome de la première souche et une autre partie correspondant au génome de la seconde souche », explique Santé publique France.
Un mécanisme « de divergence génétique » susceptible d’impacter le cours de l’évolution du virus, au même titre que la survenue de mutation et loin de n’être que théorique. En effet, comme le souligne l’instance de santé publique, une vaste étude américaine « réalisée sur 1,6 million de génomes du SARS-CoV-2 » aurait estimé à 3 % la prévalence des recombinants du SARS-CoV-2.
Le plus souvent, ces recombinaisons ne présenteraient pas d’impact particulier en termes de santé publique. « Dans la majorité des cas, les deux souches d’origine sont proches et le recombinant présente un profil similaire aux souches parentales », plaide Santé publique France.
Ce serait d’ailleurs la raison pour laquelle les recombinants apparaissent généralement particulièrement difficiles à détecter. « À partir des données de séquençage, il peut être complexe de distinguer une co-infection par deux variants différents d’une infection par un nouveau recombinant, et plusieurs détections de recombinants se sont révélées être de fausses alarmes », reconnaît l’agence de santé publique.
Des variants de plus en plus divergents
Toutefois, avec le temps, ces recombinaisons tendent à concerner des variants de plus en plus éloignés génétiquement. Car « au cours de la pandémie, la divergence génétique entre les différents lignages du SARS-CoV-2 a augmenté », explique Santé publique France. Si bien que des recombinants issus des variants Alpha et Delta d’une part et Bêta et Delta d’autre part ont respectivement été identifiés au Japon et en Chine dès 2021.
Cette dynamique d’éloignement génétique des variants « rend les recombinaisons plus facilement identifiables », souligne l'agence. Mais surtout, l’instance suggère que ces recombinants issus de mutants de plus en plus différents voient leur potentiel impact sur la santé publique de plus en plus difficile à prédire « par rapport aux deux variants parentaux ».
Des suspicions dans plusieurs pays
Dans ce contexte, la surveillance des recombinants semble de plus en plus justifiée. D’autant que l’intense co-circulation d’Omicron et de Delta enregistrée depuis fin 2021 « augmente la probabilité de co-infections et donc celle de recombinants ». D’ailleurs, « plusieurs suspicions de recombinants Delta/Omicron ont été rapportées récemment au Royaume-Uni, aux États-Unis et en Australie, et d’autres sont en cours d’investigation », indique Santé publique France.
Dans l'Hexagone, où un « suivi renforcé des co-infections Delta/Omicron » est réalisé par l’agence de santé publique et le CNR, l’émergence d’un premier recombinant a été repérée et confirmée sur quatre prélèvements.
À la date du 21 février, 10 autres prélèvements suspects portant une combinaison de 3 mutations caractéristiques de ce recombinant - et réalisés pour la plupart dans le cadre d’enquêtes Flash - faisaient encore l’objet d’investigations. « La détection au cours d’enquêtes Flash et la dispersion géographique (dans diverses régions) des cas peuvent laisser penser que ce recombinant circule potentiellement déjà à des niveaux très bas depuis la mi-janvier », admet Santé publique France. D’autant qu’un des prélèvements concernés a été réalisé il y a déjà un mois et demi, le 17 janvier.
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