Surveillance du Covid dans les eaux usées : l'Académie de médecine alerte sur le devenir du réseau Obépine

Soutien de longue date du réseau Obépine, qui traque le SARS-CoV-2 dans les eaux usées, l'Académie nationale de médecine alerte dans un communiqué du 13 octobre sur son devenir et demande aux pouvoirs publics de garantir son financement opérationnel.

Créé au printemps 2020 par trois groupes de recherche, avec l'appui du Comité analyse, recherche et expertise (Care) Covid-19, l'observatoire épidémiologique des eaux usées a d'abord été financé par Sorbonne Université, le CNRS et une première subvention du ministère de lʼEnseignement supérieur, de la Recherche et de lʼInnovation (MESRI), à hauteur de 3,5 millions d'euros.

Un dispositif national pas encore prêt

La communauté européenne ayant recommandé à ses États membres de mettre en place un dispositif de surveillance dans les stations d'épuration, Obépine devait être repris, à partir du 1er octobre par un nouveau dispositif national de surveillance microbiologique intitulé Sum'Eau. Piloté par la Direction générale de la santé et la Direction de l'environnement et de la biodiversité, en lien avec Santé publique France et l'Anses, le futur Sum'Eau, sous tutelle du ministère de la Santé (et non plus de la recherche), a pour vocation d'agréger tous les réseaux existants.

Problème : le dispositif n'est pas encore prêt. « Nous avons obtenu de la part du ministère de la Santé une rallonge d'un million d'euros pour fonctionner en août, septembre et octobre. Mais Sum'Eau n'étant toujours pas mature au 1^er octobre, nous n'avons pu être transférés sur ce dispositif. Et nous n'avons pas de calendrier précis », explique le Pr Vincent Maréchal, virologue (Sorbonne Université, Inserm, Centre de Recherche Saint-Antoine), co-fondateur du projet. « Il risque donc d'y avoir un trou dans la raquette de la surveillance épidémiologique, d'autant que les tests individuels, qui n'ont pas vocation à faire de l'épidémiologie, rappelons-le, ne sont plus remboursés à partir de ce 15 octobre », ajoute-t-il. Sans parler de la difficulté qu'il y a à mobiliser des équipes (une quarantaine de personnes travaillent sur Obépine) et à assurer toute une logistique (contrat, matériel, etc.) dans l'incertitude, en l'absence de toute visibilité.

Risque d'interruption de la surveillance épidémique

« Le report sine die du transfert menace d'interrompre le fonctionnement de ce système de surveillance dans une période (l'approche de l'hiver) au cours de laquelle il pourrait fournir un indicateur épidémiologique essentiel », regrette l'Académie de médecine. La rue Bonaparte rappelle notamment que le Conseil scientifique Covid-19 considérait en mai dernier que l'analyse des eaux usées dans les stations d'épuration était « une excellente sentinelle d'une reprise épidémique lorsque le niveau de circulation est bas, avant même les indicateurs épidémiologiques (type nombre d'infections quotidiennes) ».

L'Académie recommande donc de maintenir le financement opérationnel du réseau jusqu'à la prise en charge effective de ses fonctions par Sum'Eau, et même de fournir les moyens pour intensifier la surveillance pendant la période de faible transmission du SARS-CoV-2 pour pouvoir le cas échéant détecter au plus tôt toute reviviscence épidémique. L'Académie demande aussi d'étendre la couverture par un maillage renforcé du territoire en incluant les laboratoires vétérinaires d'analyses en association avec le service d'assistance technique aux exploitants de station d'épuration. Actuellement, Obépine s'appuie sur 200 stations d'épuration, dans les métropoles, mais aussi les plus petites villes, soit plus de 33 % de la population française. Son intégration à Sum'Eau pourrait conduire à des modifications sur le nombre de stations participantes.