De nouvelles données

L’existence de flores commensales, qu’elles soient digestive, cutanée, vaginale, sinusienne ou oropharyngée, est établie depuis plusieurs décennies et l’impact de leur composition, en termes de richesse et de diversité, sur l’état de santé de l’hôte est clairement reconnu.

Même si Louis Pasteur suggérait déjà en 1860 que les voies aériennes ne pouvaient être stériles du fait que l’air inhalé contenait des bactéries viables et qu’un individu sain en inhalait 7 000 litres par jour, encore récemment les bronches des sujets sains étaient considérées comme stériles.

« Ce dogme n’était pourtant établi que sur des bases erronées », déclare la Dr Clémence Martin (hôpital Cochin, Paris).

La première étant la mauvaise interprétation des résultats de culture bactérienne dont les protocoles étaient appliqués pour détecter des pathogènes respiratoires et faire le diagnostic d’une infection aiguë versus l’absence d’infection. Les milieux et conditions de culture cellulaires étaient donc optimisés dans un but discriminant et non pas pour détecter de façon exhaustive l’ensemble des communautés bactériennes constituant la flore commensale des voies aériennes. Deuxièmement, de nombreuses bactéries ne sont pas cultivables en conditions de laboratoire et seulement 20 % des bactéries des voies respiratoires basses sont détectables à l’aide des méthodes conventionnelles.

Enfin, les bactéries retrouvées dans les prélèvements respiratoires appartenant également à la flore oropharyngée étaient, souvent à tort, considérées comme des contaminations.

Le projet intitulé « Human Microbiome Project » a débuté en 2007 et avait pour objectif d’étudier l’ensemble des micro-organismes cohabitant dans le corps humain grâce à l’avènement de techniques de détection indépendantes de la culture bactérienne et fondées sur le principe de la détection de l’ARN16s par des techniques de biologie moléculaire. Ce projet a permis de confirmer que la biologie humaine pouvait dépendre des interactions que l’organisme avait avec une flore microbienne présente sur les nombreuses surfaces du corps en contact avec le milieu extérieur : la peau, les muqueuses oropharyngée et sinusienne, vaginale et intestinale. Le poumon ne faisait pas partie des 18 sites du corps humain explorés dans ce projet étant donné qu’il était encore alors considéré comme stérile. Il a fallu encore quelques années pour comprendre que le poumon normal n’est pas stérile mais contient un microbiote respiratoire composé de nombreux micro-organismes non détectables par des méthodes de cultures bactériennes conventionnelles.

Un domaine de recherche en pleine émergence

La mucoviscidose et la dilatation des bronches sont des pathologies dans lesquelles le rôle de l’infection bactérienne chronique des voies aériennes est établi avec une influence majeure sur le cours évolutif.

« La littérature scientifique s’est fortement enrichie ces dernières années avec de nombreuses études », souligne la Dr Clémence Martin.

Elles décrivent le microbiote respiratoire dans un contexte de mucoviscidose ou de dilatation des bronches en situation stable ou lors d’exacerbation respiratoire, mais également suite à des interventions thérapeutiques comme entre autres, l’usage de macrolides au long cours, la vaccination antigrippale ou les antibiothérapies répétées.

D’après la communication de la Dr Clémence Martin (hôpital Cochin, Paris)